Nawracające somatyczne mutacje DICER1 w nienabłonkowych rakach jajnika AD 2

Oba zasoby zapewniają dostęp do próbek za pośrednictwem specjalnej aplikacji do badań zatwierdzonych przez komisje przeglądowe instytucji, w tym do badań sekwencjonowania następnej generacji. Do sprawdzenia poprawności użyto 411 dodatkowych próbek guza. Sekwencjonowanie transkrypcji, egzemplifikacji i sangerów
Przeprowadziliśmy sekwencjonowanie i analizę transkryptomu, jak opisano poprzednio .4,28,29 Przeprowadziliśmy wychwycenie exome genomowych regionów kodujących poprzez selekcję hybrydową roztworu. 30 Surowe dane zostały zdeponowane w Europejskim Archiwum Genomu Phenome (numer dostępu, EGAS00001000135). Przeprowadziliśmy sekwencjonowanie Sangera w regionie DICER1 kodującym domenę RNazy IIIb w DNA z próbek w serii wykrywania i walidacji oraz w DNA linii zarodkowej, gdy są dostępne.
Test enzymatyczny DICER1
Inkubowaliśmy białko DICER1 typu dzikiego, mutanty i kontrole z substratem oligonukleotydowym RNA znakowanym 5 -32-fosforanem (32P) i analizowaliśmy produkty cięcia za pomocą elektroforezy żelowej i fosfoobrazowania.
Wyniki
Mutacje somatyczne w DICER1
Rysunek 1. Rysunek 1. Mutacje w DICER1. 27 egzonów DICER1 jest przedstawionych jako ponumerowane szare kwadraty powyżej diagramu genu kodującego białko (pokazanego poniżej na niebiesko), z dwiema katalitycznymi domenami RNazy III pokazanymi na żółto. Aktywne miejsca są oznaczone różową linią, a miejsca wiążące metal są oznaczone purpurową linią, a polibromo (PBRM) jest fioletowe. Skrót dsRNA oznacza dwuniciowy RNA, PAZ Piwi Argonaut i domenę Zwille i region nieulegający translacji UTR. Mutacje wyszczególnione powyżej eksonów zidentyfikowano na podstawie sekwencji transkryptomu lub całego egzomu 14 próbek w zestawie wykrywania, a te wymienione poniżej zidentyfikowano poprzez ukierunkowaną analizę sekwencji Sangera 101 próbek nienabłonkowego guza jajnika, 39 próbek nienabłonkowy nowotwór jądra i 5 próbek zarodkowego mięśniaka mięsaka prążkowanego. Wszystkie nawracające mutacje somatyczne były mutacjami missense w kodonach kodujących miejsca wiązania metalu w domenie RNazy IIIb (powiększony region). Stwierdzono, że siedem próbek niosło kolejną mutację DICER1 (wskazaną jako slash) oprócz mutacji w punkcie hot-spot .
Stosując kombinację sekwencjonowania całego transkryptomu i całego egzomu, szukaliśmy aberracji genomowych w dwóch guzach komórek Sertoli-Leydiga, czterech młodocianych guzach komórek ziarnistych i ośmiu prymitywnych guzach zarodkowych typu worka żółtkowego (Tabele i 2 w Dodatku Uzupełniającym). Odkryliśmy cztery niesynonimowe mutacje missense w DICER1 wpływające na resztę D1709, jedną bezsensowną mutację ścinającą i jedną mutację insercji, która, jak się przewiduje, skutkuje przesunięciem ramki i obcięciem (Figura 1). Wszystkie mutacje zostały potwierdzone za pomocą sekwencjonowania Sangera. Reszta D1709 znajduje się w skupisku kwasowych reszt, które są odpowiedzialne za wiązanie metalu10,11 w centrum katalitycznym domeny RNazy IIIb (Fig. w dodatkowym dodatku). Mimo odpowiedniego pokrycia sekwencji nie zaobserwowaliśmy mutacji, które miały wpłynąć na domenę RNazy IIIa (ryc. 2 w dodatkowym dodatku). Dane z odczytu sekwencji (Tabela w Dodatku Aneks) i ślady Sanger ze zmutowanych próbek DICER1 potwierdziły, że wszystkie mutacje były heterozygotyczne. Analiza liczby kopii potwierdziła, że tylko pojedyncza próbka, PGCTYS-05 z DICER1 typu dzikiego, wykazała heterozygotyczną utratę wokół DICER1 (Fig. 3 w dodatkowym dodatku).
DICER1 Mutacje w zestawie walidacyjnym
Tabela 1. Tabela 1. Częstość występowania somatycznych Mutacji Hot-Spot wpływających na domenę RNazy IIIb DICER1 w nienabłonkowych guzach jajnika. Powtarzające się mutacje D1709 w naszym zestawie odkrywczym prawdopodobnie miały wpływ na rozszczepianie miRNA i wiązania metalu (Mg2 + / Mn2 +), a zatem są potencjalnie patogenne.10,11 Przeprowadziliśmy sekwencjonowanie Sangera obejmujące regiony kodujące wszystkie cztery pozostałości wiążące metal w domena RNazy IIIb w zestawie walidacyjnym zawierającym 101 dodatkowych nienabłonkowych guzów jajnika (tabela oraz tabele 3, 4 i 5 w dodatkowym dodatku). Przebadaliśmy również 39 guzów jąder, aby ustalić, czy zawierają one te same mutacje. Spośród nienabłonkowych typów nowotworów jajnika, które poddano skriningowi, obecne były mutacje wpływające na jedną resztę wiążącą metal, przy czym najwyższe rozpowszechnienie w guzach komórek Sertoli-Leydig: 26 z 43 (60%) tych nowotworów miało mutację. Wyznaczyliśmy te mutacje wpływające na pozostałości wiążące metal RNase IIIb jako gorące punkty. Oprócz guzów rdzeniowo-zrogowaciałych płci i guzów zarodkowych, z 14 pojedynczych, związanych z rozwojem, niemięśniakowych guzów zarodkowych jądra komórkowego nosił mutację D1709N (Tabela 3 w Dodatku Uzupełniającym). Aby określić, czy mutacje te występują w innych nowotworach z tak zwanym fenotypem pierwotnym, przeanalizowaliśmy 5 zarodkowych mięsaka prążkowanokomórkowego; 2 z t
[hasła pokrewne: nefrolog, dermatologa, trychologia ]
[podobne: olx swarzedz, szafraceum, eziclen ]