Mycobacterium chimaera rozprzestrzenil sie z jednostek grzewczych i chlodniczych w chirurgii serca

W najnowszych artykułach opisano pacjentów z infekcjami wywołanymi przez postać nietwarderycznych prątków, Mycobacterium chimaera, które rozwinęły się po operacjach kardiochirurgicznych.1-3 Zakażenia zostały publicznie zgłoszone w pięciu krajach i zauważono, że infekcje te rozwinęły się po ogrzewaniu Stöckert 3T i chłodziarka wyprodukowana przez Sorin Group Deutschland (obecnie LivaNova) została użyta do regulacji temperatury ciała pacjentów podczas pomostowania tętnic wieńcowych.1-5 Zakażenia uważa się za nabyte w drodze przenoszenia drogą powietrzną bakterii w aerozolu ze zbiorników wodnych.1 Po tych doniesieniach na półkuli północnej o infekcjach związanych z jednostkami grzewczymi i chłodzącymi, instytucje opieki zdrowotnej w Australii i Nowej Zelandii rozpoczęły testowanie próbek wody z jednostek grzewczych i chłodzących w celu wykrycia prątków. W okresie od maja 2015 r. Do lipca 2016 r. Uzyskano w sumie 48 przypuszczalnych izolatà ³w M. chimera: 43 pochodziło od jednostek grzewczych i chłodzących Stöckert 3T, a 5 pochodziło z próbek pobranych od pacjentów (zob. Tabela S1 w dodatkowym dodatku, dostępna w pełnym tekście niniejszego dokumentu). list na). Izolaty otrzymano z 36 próbek w czterech stanach w Australii oraz z 12 próbek w czterech regionach w Nowej Zelandii. Wszystkie izolaty przeszły sekwencjonowanie całego genomu. Szczegółowe metody podano w Dodatku Uzupełniającym. Rysunek 1. Rysunek 1. Analiza filogenomiczna izolatów Mycobacterium chimaera związanych z jednostkami grzewczymi i chłodzącymi w Australii i Nowej Zelandii.Panel A przedstawia drzewo filogenetyczne o maksymalnej wiarygodności 48 przypuszczalnych izolatów M. chimerą (DMG1600XXX) i 9 innych pokrewnych M. intracellulare złożone genomy. Łącznie 46 z 48 analizowanych genomów stworzyło pojedynczą, spójną linię M. chimaera. Drzewo zostało skonstruowane przy użyciu oprogramowania FastTree (z punkte m centralnym) z uogólnionym odwracalnym w czasie modelem substytucji nukleotydów i było oparte na dopasowaniu wejściowym 151 667 polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP) uzyskanych z porównań całego genomu 57 genomów. Pokazane wyniki odnoszą się do referencyjnego genomu M. chimaera MC_ANZ045 pokazanego w panelu B (czerwony krój pisma). Wszystkie węzły w drzewie miały wartości wsparcia większe niż 0,9. Panel B pokazuje skupioną rdzeń genomu filogenezy 46 genomów M. chimaera zidentyfikowanych w panelu A, w oparciu o dopasowanie 223 zmiennych nukleotydów (usunięto miejsca dotknięte rekombinacją). Taksony są cieniowane zgodnie z trzema podliniami (G1, G2 i G3) zidentyfikowanymi przez analizę struktury populacji, z zastosowaniem filtrowanego dopasowania 1562 zmiennych nukleotydów jako sygnału wejściowego. Jeden izolat uzyskany od pacjenta był identyczny na poziomie genomu rdzeniowego z dwoma izolatami uzyskanymi z jednostek grzewczych i chłodzących i z grupowany z innymi izolatami z jednostek grzewczych i chłodzących w różnych regionach w obu krajach (izolaty uzyskane od pacjentów zaznaczono czerwonymi strzałkami). Cztery izolaty uzyskane od pacjentów różniły się genetycznie od izolatów uzyskanych z jednostek grzewczych i chłodzących. Analiza filogenomiczna wykazała, że M. chimera była odrębną linią klonalną w obrębie kompleksu M. intracellulare (Figura 1A). W obrębie tej linii zidentyfikowano trzy podliniowości (rysunek 1B i rysunek S1 w dodatkowym dodatku). Izolaty M. chimaera związane z jednostkami grzewczymi i chłodzącymi w Australii i Nowej Zelandii były często nie do odróżnienia na podstawowym poziomie genomu; wskazuje to na ostatnie rozpowszechnienie ze wspólnego źródła (rysunek 1B). W szczególności izolat wyhodowany ze szpiku kostnego pacjenta, który wcześniej poddano operacji kardiochirurgicznej, był identyczny z dwoma izolatami z pojedynczego urządzenia do ogrzewania i chłodzeni a stosowanego w obiekcie, gdy pacjent przeszedł operację ponownie (Figura 1B). Postawiono hipotezę, że przenoszenie z jednostki grzewczej i chłodzącej do pacjentów miało miejsce w innych regionach geograficznych, chociaż związek ten nie został jeszcze ustalony w Australii i Nowej Zelandii.3 Biorąc pod uwagę wysoce spokrewnione genomy izolatów M. chimaera z odległych geograficznie miejsc w Australii i Nowej Zelandii oraz wyraźną ekspozycję epidemiologiczną na określoną markę jednostki grzewczej i chłodzącej wśród pacjentów, najbardziej prawdopodobną hipotezą jest zanieczyszczenie z jednego źródła punktowego, jak sugerowano przez ostatnie badania środowiskowe w zakładzie produkującym urządzenia do ogrzewania i chłodzenia1. Aby przetestować tę hipotezę, porównaliśmy dane z genomu M. chimaera od naszego pacjenta z ostatnio wydanymi sekwencjami z testów jednostek grzewczych i chłodzących na półkuli północnej. Stwierdzono wysoki poziom och rony sekwencji DNA (mediana różnic w rdzeniu genomu, 6 polimorfizmów pojedynczego nukleotydu, zakres międzykwartylowy, 4 do 8); odkrycie to było ponownie zgodne z rozprzestrzenianiem się patogenu ze ź [hasła pokrewne: laryngolog wrocław, endokrynolog kielce, leczenie żylaków ]
[podobne: skutki spożywania alkoholu, drenaż limfatyczny poznań, jąkanie toniczne ]